Patched the translation file and updated in CVS.

Can you try to rebuild pacman on your own using the PKGBUILD from abs, and see if it is still broken?

Yes, it still happens

I have in my rc.conf: LOCALE="es_ES"

If I'm right the pacman-es.po.patch file should change the [S/n] to [Y/n] but pacman still display [S/n]

$ grep -a "\[Y\/n\]" pkg/usr/share/locale/es/LC_MESSAGES/pacman.mo
Do you want to remove these packages? [Y/n]
Remove whole content? [Y/n] -b, --dbpath <path> set an alternate database location
:: %1$s requires %2$s from IgnorePkg. Install %2$s? [Y/n] :: %s conflicts with %s. Remove %s? [Y/n] :: %s is designated as a HoldPkg. Remove anyway? [Y/n] :: %s is in IgnorePkg. Install anyway? [Y/n] :: %s is required by %s
:: %s-%s: local version is newer. Upgrade anyway? [Y/n] :: %s-%s: local version is up to date. Upgrade anyway? [Y/n] :: %s: conflicts with %s:: %s: requires %s:: Archive %s is corrupted. Do you want to delete it? [Y/n] :: Install %s from group %s? [Y/n] :: Install whole content? [Y/n] :: It is recommended that you allow pacman to upgrade itself
:: Remove %s from group %s? [Y/n] :: Replace %s with %s/%s? [Y/n] :: Retrieving packages from %s...
:: Upgrade pacman first? [Y/n] :: first, then you can re-run the operation with the newer version.
Checking for package upgrades...Conflicts With :Depends On :Do you want to remove all packages from cache? [Y/n] Do you want to remove old packages from cache? [Y/n] Download Size : %6.2f K
Proceed with download? [Y/n] Proceed with installation? [Y/n] Provides :Remove:Removes :Replaces :Repository : %s

$ grep -a "\[S\/n\]" pkg/usr/share/locale/es/LC_MESSAGES/pacman.mo
¿Quiere eliminar estos paquetes? [S/n]
¿Quitar todo el contenido? [S/n] -b, --dbpath <path> define una localización alternativa de la base de datos
:: %1$s requiere %2$s que en los paquetes a ignorar (IgnorePkg). ¿Instalar %2$s? [S/n] :: %s provoca conflictos con %s. ¿Quitar %s? [S/n]:: %s esta indicado como paquete a mantener. ¿Quitar de todas formas? [S/n] :: %s esta en la lista a ignorar. ¿Instalar de todas formas? [S/n] :: %s es requerido por %s
:: %s-%s: la versión local es mas reciente. ¿Actualizar de todas formas? [S/n] :: %s-%s: la versión local esta actualizada. ¿Actualizar de todas formas? [S/n] :: %s: tiene conflictos con %s:: %s: necesita %s:: El Archivo %s esta corrupto. Desea borrarlo? [S/n] :: ¿Instalar %s del grupo %s? [S/n] :: ¿Instalar el todo el contenido? [S/n] :: es recomendado que permita a pacman actualizarse a si mismo
:: ¿Quitar %s del grupo %s? [S/n] :: ¿Reemplazar %s con %s/%s? [S/n] :: Descargando paquetes desde %s...
:: ¿Actualizar pacman primero? [S/n] :: primero, después puedes volver a ejecutar la operación con la nueva versión.
Verificando actualizaciones de paquetes...Conflictos con :Depende De :Desea borrar todos los paquetes de la cache? [S/n] Desea quitar los paquetes antiguos de la cache? [S/n] Tamaño de la descarga : %6.2f K
¿Continuar con la descarga? [S/n] ¿Continuar con la instalación? [S/n] Provee :Se quitará:Elimina :Reemplaza :Repositorio : %s

Fixed for real in pacman 3.0.4-3. The translation files are not normally regenerated when the package is built, so I had to trick it and make it do it.